Johnson har satt en deadline för EU-toppmötet den 15 oktober för enighet om en överenskommelse, och EU söker ytterligare några eftergifter innan det går in i slutfasen av förhandlingarna.
"(Johnson) bekräftade Storbritanniens åtagande att utforska alla vägar för att nå en överenskommelse," sa Johnsons kontor i Downing Street i en uppläsning av samtalet.
"Premiärministern betonade att framsteg måste göras under de kommande dagarna för att överbrygga de betydande klyftorna, särskilt när det gäller fiske och lika villkor, genom processen med intensiva samtal mellan chefsförhandlare."
De två chefsförhandlarna, EU:s Michel Barnier och Storbritanniens David Frost, säger att de går mot en överenskommelse före deadline den 15 oktober, även om de har understrukit att viktiga luckor kvarstår.
Johnson sa till Macron att Storbritannien ville ha ett avtal, men inte till vilket pris som helst.
"Han underströk att en överenskommelse var bättre för båda sidor, men också att Storbritannien var beredd att avsluta övergångsperioden på australiensiska villkor om ett avtal inte kunde hittas," sade Johnsons kontor.
