Johnson vann den så kallade parlamentariska omröstningen vid den andra behandlingen om propositionen för den inre marknaden 340 till 263. Ett förödande ändringsförslag besegrades strax i förväg, men mer kommer att följa när han står inför ett växande uppror i sitt parti.
EU säger att Johnsons proposition skulle kollapsa handelsförhandlingarna och driva Storbritannien mot en rörig Brexit medan tidigare brittiska ledare har varnat för att brott mot lagen är ett steg för långt som undergräver landets image.
Johnson sade dock att det var viktigt att motverka "absurda" hot från Bryssel, inklusive att London satte upp handelshinder mellan Storbritannien och Nordirland och införde en livsmedelsblockad - steg som han sade hotade Förenade kungarikets enhet.
"EU har fortfarande inte tagit bort denna revolver från bordet", sa Johnson till parlamentet före omröstningen. "Vad vi inte kan göra nu är att tolerera en situation där våra EU-motsvarigheter på allvar tror att de har makten att bryta upp vårt land."
EU har krävt att Storbritannien skrotar de viktigaste delarna av lagförslaget i slutet av september och att om inte, kommer det inte att finnas någon handelsavtal i slutet av året för att täcka allt från bildelar till mat.
För att backa upp sitt meddelande har EU-kommissionen försenat ett avgörande beslut om att låta London fortsätta att cleara eurotransaktioner för EU-baserade kunder, berättade en derivatkälla till Reuters.
Johnson klargjorde att han skulle gå vidare med lagförslaget som han lade fram som en defensiv försäkring som syftade till att förhindra en utländsk makt från att dela Storbritannien genom att använda Nordirland som hävstång.
Många lagstiftare är dock störda av ett sådant uttryckligt försök att bryta mot internationell rätt. Alla fem av Storbritanniens levande före detta premiärministrar har uttryckt oro över hans plan.
"Jag förstår hur vissa människor kommer att känna sig oroliga över användningen av dessa krafter och jag delar den känslan själv," sa Johnson. "De är en försäkring och om vi når en överenskommelse med våra europeiska vänner, som jag fortfarande tror är möjligt, kommer de aldrig att åberopas."
Men vissa EU-diplomater tror att London spelar ett kycklingspel och bjuder in kollapsen av handelssamtal för att antingen få det avtal som det vill ha eller lämna utan ett avtal.
Nu när lagförslaget har passerat sin andra behandling kommer det att stå inför ytterligare fyra dagars debatt om dess finstilta - ett skede där lagstiftare kan försöka infoga ändringar som kan ändra hela innebörden av lagförslaget eller till och med döda det.
Den huvudsakliga slagfältet är sannolikt ett försök av Bob Neill, en konservativ lagstiftare, att ändra lagförslaget för att säkerställa att alla försök att använda de klausuler som bryter mot Brexit-skilsmässeavtalet får förhandsgodkännande från parlamentet.
