Vodafone hade hävdat att länderna kanske inte är direkt jämförbara med Irland på grund av storleken på deras marknader och stordriftsfördelarna för operatörerna.
Domstolen upphävde ComRegs förslag.
Domen kan få betydande konsekvenser för mobilföretagens kostnader och deras rätt att debitera andra operatörer för samtal som termineras i deras nät.
Enbart Vodafone avslutade 1.6 miljarder minuters samtal på sitt nätverk 2012.
I ett uttalande efter domen sa Vodafone att MTR-förslaget, även om det kanske inte direkt påverkar mobiltelefonräkningar för konsumenter, "skulle ha förhindrat framtida investeringar i avancerade bredbandsnät som konsumenter och företag litar på".
"Nivån på vilken MTRs sätts bör återspegla kostnaderna för att driva och investera i nätverket på den irländska marknaden", stod det.